La Iglesia Parroquial de São Pedro do Porto da Cruz, también conocida como Senhor São Pedro dos Biscoitos do Porto da Cruz, fue fundada en 1561. Fue la primera iglesia de Biscoitos y estaba ubicada en la Zona de Caparica, todavía existen algunos vestigios de esta iglesia.

Posteriormente, en 1672, se construyó la segunda iglesia en el Barrio de S. Pedro, que sirvió a la Comunidad Parroquial hasta el terremoto de 1980, que destruyó parte de este templo, siendo necesaria su reconstrucción después del desastre.

Algunas personas consideran que su reconstrucción marca la creación de la tercera iglesia.